1. Ban giám đốc

2. Phòng chức năng:

        a) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;

        b) Phòng Tổ chức Hành chính;

        c) Phòng Tài chính Kế toán.

    3. Bộ môn nghiên cứu:

       a) Bộ môn Phát sinh học và Phân loại đất;

       b) Bộ môn Sử dụng đất;

       c) Bộ môn Vi sinh vật;

       d) Bộ môn Kinh tế sử dụng đất và phân bón

       e) Phòng Phân tích Trung tâm.

   4. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện:

       a) Trung tâm NC phân bón và dinh dưỡng cây trồng;

       b) Trung tâm NC đất và phân bón vùng Trung Du;

       c) Trung tâm NC đất, phân bón và môi trường Tây Nguyên;

       d) Trung tâm NC phân bón và môi trường phía Nam.

    *Trung tâm thông tin & tư liệu đất Việt Nam

    *Trung tâm thông tin & tư liệu phân bón Việt Nam

    *Phòng lưu giữ quỹ gen vi sinh vật nông nghiệp